Mengunjungi Kabupaten Waropen memiliki tantangan tersendiri, karena tidak ada transportasi langsung baik darat, laut maupun udara dari ibukota Provinsi (Kota Jayapura) ke Waropen. Pengunjung harus transit melalui daerah lain seperti Biak, Nabire, dan Serui. Saat ini, Kabupaten Waropen memiliki bandara sepanjang 600 meter yang terletak di Botawa. Dengan panjang landasan yang terbatas ini, maka hanya pesawat kecil saja yang bisa mendarat di bandara ini.
Penerbangan ke Waropen dilayani dari Nabire dan dari Biak. Untuk penerbangan dari Nabire merupakan penerbangan subsidi dari Pemerintah yang pada tahun 2018 dilaksanakan dalam bentuk kerjasama dengan Dimonim Air dengan pesawat Twin Otter, dengan frekuensi 1 minggu sekali. Sementara itu, penerbangan dari Biak dapat ditempuh dengan menggunakan Susi Air, namun tidak memiliki jadwal yang tetap.
Solusi paling cepat untuk menuju Waropen adalah dengan menggunakan transportasi laut dari Serui dan Biak. Ada kapal cepat dari Biak dengan frekuensi 3 kali seminggu, sedangkan dari Serui setiap hari ada kapal maupun speedboat, baik yang reguler maupun yang dapat disewa (charter). Sebagai catatan, jika waktu bukan menjadi hal yang penting, maka bisa menggunakan kapal Pelni dari Jayapura ke Serui dengan biaya Rp.200 ribuan per orang dengan waktu tempuh sekitar 30 jam.
Pada tanggal 1 Juli 2018 yang lalu saya beserta tim melakukan perjalanan ke Waropen dari Jayapura. Kami naik pesawat Trigana Air IL-291 pukul 06.30 WIT dari Sentani (DJJ) dengan harga Rp.1,6 juta untuk penerbangan selama 1 jam 20 menit. Kami tiba di bandara Serui (ZRI) pada pukul 8.30 WIT, dilanjutkan dengan sewa mobil dari bandara ke kota yang ditempuh dalam wakyu 45 menit.
Di pelabuhan, kita bisa menyewa speedboat dengan waktu tempuh 45 menit dengan harga sewa Rp.1,2 - 1,5 juta atau kalau mau menunggu penumpang lain, bisa patungan Rp.150 - 250 ribu per orang. Selain speedboat, ada kapal kayu dengan biaya Rp.100 ribu per orang dengan waktu tempuh 2,5 - 3 jam tergantung cuaca. Kami akhirnya naik kapal kayu ini, karena pada hari minggu speedboat yang beroperasi sangat sedikit karena sebagian besar para motoristnya pulang ke kampung untuk ke gereja. Kami berangkat pukul 12.30 WIT dan tiba pukul 15.00 WIT di pelabuhan Waren.
Keluar dari pelabuhan Waren, kami belok kiri sejauh beberapa ratus meter dan tiba di Hotel Merpati Urfas Waropen untuk menginap, karena di Waropen hanya ada 2 penginapan, yaitu Hotel Merpati dan Hotel Kanaan. Hotel Merpati cukup nyaman karena memiliki pendingin udara dan juga air panas, serta TV kabel. Selain itu, di kompleks hotel terdapat mini market dan tempat makan.
